DIRECCIONES UTILES EN INTERNET

• Acceso directo a bases de datos moleculares:
  ADN ribosómico: http://rdp.life.uiuc.edu/
  EBI: http://www.ebi.ac.uk/srs/srsc?-id+842001782_150.214.50.11+-libs
• Alineamientos múltiples de secuencias:
  de proteínas.: http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html, http://ibc.wustl.edu/msa.html, http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/ppHelp.html#P2MAXHOM
  http://www.ibcp.fr/predict.html
  http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/multi-align/multi-align.html
• Bio-Informática:
  Alemania: http://www.techfak.uni-bielefeld.de/techfak/ags/pi/, http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/, http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/ForAll/welcome.htmlhttp://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Curric/FDSear/welcome.html (ejercicios)
  Australia: http://life.anu.edu.au
  Israel: http://bioinformatics.weizmann.ac.il/bioweb/
  Mexico: http://www.gene.cinvestav.mx/psb/node7.html#syllabi
  Reino Unido: http://info.mcc.ac.uk/hpctec/courses/Biocomputing/vsns/bcd/welcome.html, http://www.cryst.bbk.ac.uk/BCD/bcdgloss.html (glosario)
  U.S.A.: http://www.gdb.org/hopkins.html, http://gc.bcm.tmc.edu:8088/search-launcher/launcher.html
• Búsqueda de estructuras macromoleculares:
  123D (plegamientos de secuencias proteicas): http://www-lmmb.ncifcrf.gov/~nicka/123D.html
  Asignación de dominios: http://db2.sdsc.edu/moose/, http://bonsai.lif.icnet.uk/domains/assign.html
  FRSVR (plegamientos de secuencias proteicas): http://www.mbi.ucla.edu/people/frsvr/frsvr.html
  ProDom (dominios proteicos): http://protein.toulouse.inra.fr/prodom.html
  RePro (repeticiones en secs. proteicas): http://www.embl-heidelberg.de/repro/repro_info.html
  SBase (secuencias de dominios): http://base.icgeb.trieste.it/sbase/
• Búsqueda de homología de secuencias (FASTA, BLAST):
  en Japón: http://www.genome.ad.jp/SIT/BLAST.html
  en NCBI, USA: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/cgi-bin/BLAST/nph-blast?Jform=0
  en SEQNET, Reino Unido: http://gserv1.dl.ac.uk/SEQNET/dbsearch.html
• Búsqueda de "motifs" en secuencias proteicas:
  http://www.ibcp.fr/serv_main.html
  http://www.genome.ad.jp/SIT/MOTIF.html
• Búsqueda de secuencias en bases de datos moleculares:
  Montreal: http://megasun.bch.umontreal.ca/other/searching.html
  ABC, Hungary: http://www.abc.hu/info/services.html
  BEN, Brussels:
  BMC, Sweden:
  BiO, Oslo:
  Biocenter, Vienna:
  CAOS/CAMM, Nijmegen:
  CSC, Finland:
  en el DISC, Japón: http://www.dna.affrc.go.jp, http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget.html
  en el EBI, Hinxton, UK: http://www.ebi.ac.uk/queries/queries.html
  en el EMBL, Heidelberg: http://www.embl-heidelberg.de/Services/index.html
  HGMP, Hinxton, UK:
  INCBI, Dublin:
  IUBio Archive Indiana: http://iubio.bio.indiana.edu:80/
  Infobiogen, France:
  en el NCBI, U.S.A.: http://www2.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/query_form.html
  en SEQNET, Daresbury, UK: http://www.dl.ac.uk/SEQNET/home.html
  Sanger, Hinxton, UK:
  Skirball Inst., NY:
  en el WEHI, Melbourne: http://wehih.wehi.edu.au:80/srs/srsc
  en el Weizmann: http://dapsas.weizmann.ac.il:80/srs/srsc
• Búsqueda de sitios de unión del ADN a factores de transcripción:
  en Japón: http://www.genome.ad.jp/SIT/TFSEARCH.html
• Centros de referencia en Biología Molecular:
  Centro Nacional de Información en Biotecnología (NCBI), U.S.A.: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
  Agricultural Biotechnology Center (ABC), Hungary: http://www.abc.hu/
  BEN, Brussels: BMC, Sweden: BiO, Oslo: Biocenter, Vienna:
  Banco de Datos de Proteónas de Brookhaven (BPD), USA: http://www.pdb.bnl.gov
  Centro de Almacenaje e Información de ADN (DISC), Japón:
  http://www.dna.affrc.go.jp
  CAOS/CAMM, Nijmegen: CSC, Finland:
  Centro Nacional de Biotecnología (CNB), España: http://www.cnb.uam.es
  European Bioinformátic Institute (EBI), Cambridge, Reino Unido: http://www.ebi.ac.uk/
  European Molecular Biology Laboratory (EMBL), Heidelberg, Alemania: http://www.embl-heidelberg.de
  ExPASy, Suiza: http://expasy.hcuge.ch/
  HGMP, Hinxton, UK:
  International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology (ICGEB), Trieste, Italia: http://www.icgeb.trieste.it/
  INCBI, Dublin: IUBio Archive Indiana: Infobiogen, France:
  SEQNET, Daresbury, UK: http://www.dl.ac.uk/SEQNET/home.html
  Sanger, Hinxton, UK: Skirball Inst., NY:
  Unidad de Análisis de Biosecuencias y Estructuras (UABE), Mexico: http://www.gene.cinvestav.mx/uabe.html
  Walter and Eliza Hall Institute (WEHI), Australia: http://wehih.wehi.edu.au/
  Weizmann Institute in Science (WIS), Israel: http://dapsas.weizmann.ac.il:80/
  
• Clasificación estructural de proteínas:
  ABSalpha: http://absalpha.dcrt.nih.gov:8008/class/index.html
  CATH: http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/CATHintro.html
  DALI: http://www.embl-heidelberg.de/dali/dali.html
  NIH PDB: http://www.nih.gov/molecular_modeling/pdb_at_a_glance.html
  SCOP: http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/
• Direcciones de Biólogos:
  http://www.icgeb.trieste.it/cgi-bin/whosmgr.pl?biologist, http://www.bio.net/addrsearch.html, http://www.molbiol.ox.ac.uk/www/ewan/palette.html
• Filogenias:
  Cladística: http://www.ucmp.berkeley.edu/clad/clad4.html
  http://ucmp1.berkeley.edu/subway/phylogen.html
  El árbol de la Vida: http://ag.arizona.edu/ENTO/tree/phylogeny.html
  La Filogenia de la Vida: http://www.ucmp.berkeley.edu/exhibit/phylogeny.html
  http://phylogeny.arizona.edu/tree/home.pages/phylobiology.html
  programa PHYLIP: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
  otros programas: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html, http://mamba.bio.uci.edu/m-app.htm
• Guías e información:
  Curso sobre estructura de proteínas: http://www.cryst.bbk.ac.uk/PPS.index.html
  ENTREZ: http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/index.html
  Evaluación sobre estructura secundaria: http://www.mrc-cpe.cam.ac.uk/casp2/fr-criteria.html
  Discusión sobre Evolución Molecular: http://www.bio.net/hypermail/MOLECULAR-EVOLUTION/
  MEDLINE: http://ncbi.nlm.nih.gov/medline/query_form.html
  (NCBI, USA) Predicción de estructuras: http://bonsai.lif.icnet.uk/people/rob/CCP11BBS/
• Predicción de características en secuencias proteicas:
  AAA, superfamilia de proteínas: http://yeamob.pci.chemie.uni-tuebingen.de/Default.html
  Chaperoninas: http://bioc09.uthscsa.edu/~seale/Chap/chap.html
  Citokinas: http://www.ocms.ox.ac.uk/~smb/cyt_web/
  CCP (giros): http://www.wi.mit.edu/matsudaira/coilcoil.html
  RePro (repetición de patrones de aminoácidos): http://www.embl-heidelberg.de/repro/rep_tot.html
  Sitios de glicosilación: http://www.cbs.dtu.dk/netOglyc/cbsnetOglyc.html
  varias: http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html
• Predicción de estructura secundaria de proteínas:
  K2D: http://kal-el.ugr.es/k2d/spectra.html
  MultPredict: http://kestrel.ludwig.ucl.ac.uk/zpred.html
  NNPredict: http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html
  PredictProtein: http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html
  ProteinSequenceAnalysis (PSA): http://bmerc-www.bu.edu/psa/
  SecondaryStructurePrediction (SSP): http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/pssprediction/pssp.html
  SelfOptimisedPrediction: http://www.ibcp.fr/serv_pred.html
  Sopma: http://www.ibcp.fr/predict.html
  SSPred: http://www.embl-heidelberg.de/sspred/sspred_info.html
  TMAP (prots. transmembrana): http://www.embl-heidelberg.de/tmap/tmap_info.html
  TMPred: http://ulrec3.unil.ch/software/TMPRED_form.html
• Proyectos de análisis de Genomios:
  Aedes aegypti: http://klab.agsci.colostate.edu/acedb/AaeDB-acedb.html (USA)
  Arabidopsis thaliana: http://www.genome.ad.jp/htbin/get_htext?A.thaliana+A (Japón), http://probe.nalusda.gov:8300/ (USA)
  Bacillus subtilis: http://www.genome.ad.jp/htbin/get_htext?B.subtilis+A
  Brachydanio rerio:
  Caenorhabditis elegans: http://moulon.inra.fr/acedb/acedb.html (Francia), http://www.genome.ad.jp/htbin/get_htext?C.elegans+A (Japón)
  Dictyostelium discoideum: http://www.genome.ad.jp/htbin/get_htext?D.discoideum+A
  Drosophila melanogaster: http://www.genome.ad.jp/htbin/get_htext?D.melanogaster+A (Japón), http://morgan.harvard.edu/ (FlyBase, USA)
  Escherichia coli: http://www.genome.ad.jp/htbin/get_htext?E.coli+A (Japón), http://cgsc.biology.yale.edu/cgsc.html (USA)
  Haemophilus influenzae: http://www.embl-heidelberg.de/~genequiz/haemophilus.html (Alemania), http://www.genome.ad.jp/htbin/get_htext?H.influenzae+A (Japón)
  Homo sapiens: http://www.genome.ad.jp/brochure/english/The_Human_Genome.html, http://www.genome.ad.jp/htbin/get_htext?H.sapiens+A (Japón), http://kiwi.imgen.bcm.tmc.edu:8088/search-launcher/launcher.html (USA)
  Mus musculus: http://www.genome.ad.jp/htbin/get_htext?M.musculus+A (Japón), http://mickey.utmem.edu/ o http://www.gdb.org/Dan/mouse/mlc.html (USA)
  Mycobacterium: http://kiev.physchem.kth.se/MycDB.html (Suecia)
  Mycoplasma genitalium: http://www.embl-heidelberg.de/~genequiz/mycogen.new.html (Alemania), http://www.genome.ad.jp/htbin/get_htext?M.genitalium+A (Japón)
  Oryza sativa: http://www.genome.ad.jp/htbin/get_htext?O.sativa+A
  Saccharomyces cerevisiae: http://www.embl-heidelberg.de/~genequiz/yeast.html (Alemania), http://www.genome.ad.jp/htbin/get_htext?S.cerevisiae+A (Japón), http://genome-www.stanford.edu/ (USA), ftp://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomes/S_cerevisiae/, ftp://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomes/S_cerevisiae/
  Salmonella typhimurium: http://www.genome.ad.jp/htbin/get_htext?S.typhimurium+A
  Schizosaccharomyces pombe: http://www.genome.ad.jp/htbin/get_htext?S.pombe+A
  Staphylococcus aureus: http://www.genome.ad.jp/htbin/get_htext?S.aureus+A
  Sus scrofa: http://www.ri.bbsrc.ac.uk/pigmap/pigmap.html (Reino Unido)
  Synechocystis sp.: http://www.genome.ad.jp/htbin/get_htext?Synechocystis+A
  Zea mays: http://www.genome.ad.jp/htbin/get_htext?Z.mays+A (Japón), http://www.agron.missouri.edu/query.html (USA)
  
  Enciclopedia de genes y genomios de Kyoto (Japón): http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg.html
• Publicaciones biológicas:
  http://dapsas.weizmann.ac.il/bcd/bcd_parent/bio_tools/bio_jour.html
  http://nmra.ocms.ox.ac.uk/links/Publications.html
  http://golgi.harvard.edu/biopages/journals.html
  http://golgi.harvard.edu/journals.html
  http://www.ucmp.berkeley.edu/subway/phylo/phylopub.html
• Recursos diversos de Biología Molecular:
  ABC: http://www.abc.hu/bio/part2.html
  Animaciones 3D de grandes moléculas: http://www.leeds.ac.uk/bionet/animation/mol_anim.htm
  Bio-Online: http://www.bio.com/
  BioNet-Online: http://www.bio.net/
  http://bonsai.lif.icnet.uk/useful/useful2.html, http://fiss.org.ec/BioBanco/BioCuentas/BioSciences.html BIOSCI: http://www.bio.net/
  Herramientas de Pedro:
  http://www.biophys.uni-duesseldorf.de/bionet/research_tools.html (Alemania),
  http://www.beri.co.jp/Pedro/research_tools.html (Japón),
  http://www.fmi.ch/biology/research_tools.html (Suiza),
  http://www.public.iastate.edu/~pedro/research_tools.html (USA)
  Simulaciones moleculares: http://www.msi.com
• Software de Biología Molecular:
  http://www.vims.edu/~mes/hennig/software.html
  http://www.gdb.org/Dan/softsearch/softsearch.html
• Uso de codones:
  Análisis: http://alces.med.umn.edu/cuse.html
  Tablas de frecuencia: http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html